Genetic Training Option (GTO) dla pakietu BrainMaker Professional dodaje do programu teorię algorytmów genetycznych celem automatycznej optymalizacji sieci neuronowych. Bazując na obowiązującej obecnie teorii selekcji naturalnej Darwina, GTO automatycznie tworzy dużą liczbę różnych sieci neuronowych realizujących te same zadania. Sieci te są następnie testowane, uczone i klasyfikowane pod względem szybkości i jakości działania.

W momencie znalezienie właściwej sieci, na jej podstawie tworzona jest sieć nadrzędna. Na podstawie tych dwu sieci tworzona jest jeszcze jedna sieć podrzędna poprzez technikę genetycznego krzyżowania sieci. Jeżeli sieci wtórne realizują zadania lepiej niż pierwotne, są zapisywane jako te, które przetrwały ewolucję i to one są używane do tworzenia nowych sieci - zgodnie z zasadą selekcji naturalnej. Nowa wersja GTO 2 w porównaniu z pierwszą jest znacznie obszerniejsza, szybsza i dokładniejsza.