Prism 5.0 - Nowa wersja

GraphPad Prism jest kompleksową aplikacją umożliwiającą użytkownikom na przeprowadzanie podstawowej biostatystyki, dopasowania krzywych i tworzenie wykresów naukowych. Ponad 100.000 naukowców, w ponad 100 krajach polega na analizach, wykresach i przedstawia swoje dane naukowe używając programu PRISM. Prism posiada wszystkie funkcje jakich można oczekiwać od najwyższej klasy naukowego programu do tworzenia wykresów, a poprzez swoją funkcjonalność i praktyczność został wybrany przez wiele uniwersytetów, ośrodków medycznych, instytutów badawczych i firm farmaceutycznych. Praca w programie jest prosta i nie wymaga od użytkownika zaawansowanej wiedzy statystycznej.

Program umożliwia przeprowadzenie analizy - zapewniając niezbędną pomoc - organizuje pracę użytkownika, jak żaden inny program. Dzięki temu użytkownik może skoncentrować się na danych, a nie walczyć z obsługą oprogramowania. Zapraszamy do zapoznania się z krótkim wprowadzeniem do Prism 5 oraz pobrania w pełni funkcjonalnej, nieodpłatnej wersji testowej programu (w sekcji Do pobrania). Można w niej wybrać jeden z wielu zamieszczonych testowych plików danych z okna dialogowego i stworzyć własny wykres.


Dopasowanie krzywych (Curve fitting)

Regresja nieliniowa jest ważnym narzędziem w analizie danych, ale często jest bardziej skomplikowana, niż jest to wymagane. Żaden inny program nie ułatwia dopasowania krzywej, jak Prism. W rzeczywistości, proces dopasowania krzywej, zwykle odbywa się w jednym kroku. Wystarczy wybrać równanie z bogatej listy często używanych równań (lub wprowadzić własne równanie), a Prism zrobi resztę automatycznie dopasuje parametry, wyświetli wyniki w postaci tabeli i narysuje krzywą na wykresie. Prism potrafi automatycznie dopasować jednocześnie wszystkie powiązane zestawy danych. Użytkownik nie musi zatem powtarzać poleceń dla każdego warunku eksperymentu.


Prism daje także wiele zaawansowanych opcji dopasowania - automatyczną interpolację nieznanych wartości z krzywej standardowej (np. do analizy danych RIA), porównanie dwóch równań za pomocą testu F lub na podstawie AIC (Akaike Information Criterion), wykres resztkowy.
Program Prism pozwala także na dopasowanie krzywych do rodziny zbiorów danych, dzieląc najbardziej dopasowane wartości wybranych parametrów, celem znalezienia jednej najbardziej odpowiedniej wartości, która odnosi się do całej rodziny, a nie do poszczególnych najlepszych dopasowań wartości dla każdego zestawu danych. Więcej informacji na temat dopasowań krzywych można znaleźć w dokumencie:

http://www.softbooks.com.pl/files/download/prism_dopasowanie.pdf

Najlepszym sposobem zrozumienia funkcji regresji nieliniowej jest prześledzenie przykładów. Aplikacja Prism 5 posiada bardzo dobrze opracowany system pomocy, który jest doskonałą podstawą do nauki o dopasowaniu krzywych.
Wszystkie przykłady wykorzystują dane testowe wbudowane w programie, dzięki czemu łatwiej rozpocząć naukę, bez potrzeby żmudnego wprowadzania danych. Przykłady zawierają dopasowanie krzywej kinetycznej enzymu, interpolację ze standardowej krzywej sigmoidalnej, globalną regresję nieliniową i wiele innych. Omówione przykłady dopasowań krzywych znajdują się na stronie producenta:

http://graphpad.com/help/prism5/usingnonlinear_regression_step_by_s.htm


Statystyka

Prism oferuje bardziej wszechstronny zestaw narzędzi do analizy danych, niż jakikolwiek inny graficzny pakiet naukowy. Aplikacja pozwala w łatwy sposób wykonać podstawowe testy statystyczne, powszechnie stosowane przez laboratoria i naukowców w klinikach. Prism oferuje testy t, nieparametryczne porównania, jedno i dwu czynnikowy test ANOVA, regresję liniową i nieliniową, analizę tabel liczebności i analizę przeżywalności.
W odróżnieniu od innych programów, Prism zawiera statystyczną pomoc, z której w razie potrzeby można korzystać. Kliknięcie przycisku "Learn" w dowolnym oknie dialogowym analizy danych powoduje wyświetlenie dokumentacji online do programu, wyjaśniającej zasady analizy, które pomogą dokonać odpowiednich wyborów. Po dokonaniu wyboru, Prism przedstawi wyniki w zorganizowanych, łatwych do prześledzenia tabelach. Jeśli potrzebna będzie pomoc w zrozumieniu terminologii statystycznej w tabeli wyników, stosowne odnośniki przeniosą użytkownika do wyjaśnień analizy i pomogą sprawdzić, czy wybrano odpowiednią analizę do określonego doświadczenia.
Omówione przykłady analiz statystycznych znajdują się na stronie producenta:

http://graphpad.com/help/prism5/prism5help.html?usingstatistical_analyses_step_by_s.htm

Poniżej przedstawione są podstawowe funkcjonalności statystyczne aplikacji Prism

Porównania statystyczne:

• Sparowany lub niesparowany test t
• Test Mann'a-Whitney'a i Wilcoxon'a
• Zwykłe lub powtarzalne pomiary analizy jednoczynnikowej ANOVA z testami Tukey'a, Newman'a-Keuls'a, Dunnett'a lub Bonferroni'ego, także testy Kruskal'a-Wallis'a i Friedman'a, nieparametryczna jednoczynnikowa ANOVA z testem Dunn'a.
• Test Fishera lub test chi-kwadrat. Obliczanie ryzyka względnego i ilorazu szans wraz z przedziałami ufności
• Dwuczynnikowa ANOVA, nawet z brakujących wartości z użyciem kilku testów POST
• Powtarzane pomiary analizy dwuczynnikowej ANOVA z użyciem kilku testów POST
• Analiza przeżycia Kaplan'a-Meier'a. Porównanie krzywych z testu log-rank (w tym badania trendu)

Statystyki kolumn

• Obliczanie minimum, maksimum, kwartyli, średniej, SD, SEM, CI, CV, średniej geometrycznej z przedziałami ufności
• Określenie wymaganego poziomu ufności
• Rozkłady częstotliwości (bin w histogramie), w tym skumulowanych histogramów
• Test normalności Kolmogorov'a-Smirnov'a
• Test t dla jednej zmiennej lub test Wilcoxon'a dla porównania średniej kolumny (lub mediany) o teoretycznej wartości
• Współczynniki skośności i kurtozy

Regresja liniowa i korelacja

• Obliczanie estymatorów nachylenia prostej (slope) i przecięcia z osią y (intercept) z przedziałami ufności
• Określanie linii regresji przez określony punkt
• Dopasowanie do replikowanych wartości Y lub oznaczonych Y
• Sprawdzanie liniowości modelu
• Obliczenie i tworzenie wykresu resztkowego
• Porównanie nachylenia prostej i przecięcia dwóch lub więcej linii regresji
• Określenia nowych punktów wzdłuż krzywej standardowej
• Korelacja nieparametryczna Pearson'a lub Spearman'a
• Tabela współrzędnych XY

Kliniczna (diagnostyczna) statystyka laboratoryjna

• Wykresy Bland'a-Altman'a
• Krzywe ROC (Receiver Operating Characteristic)

Regresja Deming'a (typ II regresji liniowej)


Wykresy naukowe

Szybkie tworzenie wykresów danych jakości publikacyjnej, w których łatwo można dostosować każdy szczegół. Prism zawiera szeroką gamę wykresów naukowych 2D, zapewniając użytkownikowi wszystkie niezbędne funkcje - w tym automatyczne słupki błędów, osie nieciągłe, litery greckie i wiele więcej - aby stworzyć odpowiedni wygląd wykresu. Przyciski na pasku narzędzi programu, umożliwiają natychmiastowy eksport stworzonych wykresów do programu Word lub PowerPoint, lub eksport wykresu do wielu różnych formatów, w tym wysokiej rozdzielczości tif i EPS (tylko Prism ver.5), nadających się do publikacji w każdym czasopiśmie.


Po utworzeniu kilku wykresów, można układać je na stronie w sekcji układu strony. Możliwa jest praca na wbudowanym szablonie układu strony, lub stworzenie własnego układu przy użyciu specjalnych narzędzi do ustawiania osi, tworzenia wypustek i ustawień rozmiarów wykresów. Można nawet dołączyć wyniki analizy na tej samej stronie do podsumowania całego eksperymentu celem prezentacji i publikacji. Prism pozwala drukować układ do 30" x 40", więc można organizować i drukować plakat bezpośrednio z programu.


Organizacja eksperymentów

Prism wnosi całkowicie nowe podejście w zakresie naukowego oprogramowania graficznego. Został zaprojektowany przez naukowców poszukujących oprogramowania, które będzie pracowało zgodnie z wymogami użytkownika. Prism rozumie powiązania między danymi i analizami, przechowuje powiązane dane, wyniki analiz, wykresy, schematy i notatki w jednym pliku projektu. Nawet najbardziej skomplikowane eksperymenty zostaną zorganizowane w łatwy do zarządzania projekt. W przeciwieństwie do innych naukowych programów graficznych, Prism gromadzi wszystkie wyniki analizy wraz z danymi i wykresami. Co ważniejsze, Prism zapamiętuje dokładnie, w jaki sposób dokonano analizy danych, nawet jeśli składała się ona z kilku etapów. Po otwarciu pliku Prism, można odtworzyć każdy etap wykonanej analizy.


Wymagania systemowe Prism:

• Prism 5 dla systemu Windows działa pod systemem Windows 2000, XP, Vista lub Windows 7 (nie działa pod Windows 3.1, 95, 98 lub Windows NT)
• Niektóre funkcje programu Prism na Windows wymagają Internet Explorer 6 i Flash Player 7 lub nowszego
• Ekran o rozdzielczości 800 x 576
• Prism 5 dla komputerów Macintosh jest uniwersalną aplikacją, która działa na komputerach z procesorami Intel i PowerPC Mac z systemem OS X 10.4 (Tiger), 10.5 (Leopard), OS X 10.6 (Snow Leopard) lub OS 10.7 (Lion)
• 60 MB wolnego miejsca na dysku twardym